Uchwałą Rady Miasta Zakopane (XV/145/99 z dn. 15.12.1999 r.) powołano zakład budżetowy pod nazwą Zarząd Obiektów Oświatowych działający do dnia 29.04.2004 r.
Następnie Uchwałą Rady Miasta Zakopane (XIX/174/2004 z dn. 29.04.2004 r.) zmieniono statut oraz nazwę jednostki na Zakopiańskie Centrum Edukacji im. H. Modrzejewskiej.